Algunos ordenadores tienen un número reducido de puertos USB, lo que limita la cantidad de dongles que se pueden utilizar simultáneamente.
Si utilizas varios programas que requieren distintas llaves USB, gestionarlas todas de forma física puede ser complicado.
Compartir una misma llave de seguridad entre varios usuarios puede provocar pérdidas o daños. Sustituir el dispositivo puede resultar costoso.
Trabajar en máquinas virtuales o escritorios remotos puede dificultar la conexión a dongles físicos, ya que muchos sistemas operativos invitados no soportan esta funcionalidad nativamente.