Hay limitaciones en la cantidad de dongles USB que se pueden usar en un equipo según el número de puertos disponibles.
Cuando se utilizan varios programas y cada uno requiere una licencia diferente, la emulación simplifica la gestión.
Si varias personas usan la misma llave de seguridad, existe el riesgo de pérdida o daño del dongle físico, cuya sustitución puede ser costosa.
Trabajar en entornos virtuales o escritorios remotos puede ser un problema, ya que muchos sistemas invitados no tienen la capacidad nativa de conectarse a un dongle en el host.