La cantidad de dongles que puedes conectar está limitada por el número de puertos USB disponibles en el equipo.
Si utilizas varios programas, cada uno con su propia clave de licencia, necesitas gestionar múltiples dongles físicos.
Compartir una misma llave de seguridad entre varias personas aumenta el riesgo de pérdida o daño físico, lo que puede implicar costes elevados de sustitución.
Trabajar en entornos virtuales o escritorios remotos puede ser complicado, ya que muchos sistemas operativos invitados no permiten conectar un dongle conectado al host.