El número de dongles que se pueden usar simultáneamente está limitado por la cantidad de puertos USB disponibles en un equipo.
Al usar varios programas de software con licencias distintas, se requiere un dongle específico para cada uno, complicando la gestión.
Cuando varias personas utilizan la misma llave de seguridad, hay riesgo de pérdida o daño del dongle físico, cuyo reemplazo puede resultar caro.
En entornos virtuales o sesiones de escritorio remoto, muchos sistemas operativos invitados no son compatibles con dongles conectados físicamente al equipo anfitrión.