Algunos ordenadores tienen un número limitado de puertos USB, lo que impide utilizar varios dongles simultáneamente.
Cuando se utilizan varios programas que requieren diferentes dongles de licencia, su gestión puede volverse complicada.
Compartir una única llave entre varios usuarios aumenta el riesgo de pérdida o daño físico del dongle, y su sustitución puede resultar costosa.
En entornos virtuales o escritorios remotos, muchos sistemas operativos invitados no son capaces de reconocer un dongle conectado al host de forma nativa.