Existe una limitación en el número de dongles USB que pueden utilizarse en un equipo, ya que depende de la cantidad de puertos USB disponibles.
Cuando se utilizan varios programas de software, cada uno puede requerir un dongle de licencia diferente.
Si varias personas usan la misma llave de seguridad, existe el riesgo de pérdida o daño del dongle físico, cuyo reemplazo puede resultar costoso.
Trabajar en entornos virtuales o de escritorio remoto puede ser un problema, ya que muchos sistemas operativos invitados no cuentan con la capacidad nativa de reconocer un dongle conectado al host.