El número de dongles que se pueden usar en un equipo depende del número de puertos USB disponibles.
Cuando se utilizan varios programas, cada uno puede requerir un dongle de licencia distinto.
Si varias personas utilizan la misma llave de seguridad, existe riesgo de pérdida o daño del dongle físico, y su sustitución puede resultar costosa.
En entornos virtuales o escritorios remotos, muchos sistemas operativos invitados no tienen capacidad nativa para reconocer un dongle conectado al equipo anfitrión.