Les ports USB sont limités sur certains ordinateurs, ce qui restreint l’utilisation de plusieurs dongles.
Lorsqu’on utilise plusieurs logiciels nécessitant chacun une clé différente.
Si plusieurs personnes utilisent la même clé, le risque de perte ou de détérioration augmente. Les remplacements sont souvent coûteux.
Les environnements virtuels ou les connexions à distance posent problème car de nombreux OS invités ne détectent pas les dongles branchés sur la machine hôte.