Le nombre de dongles USB que l’on peut utiliser sur une machine est limité par le nombre de ports disponibles.
Lorsqu’on utilise plusieurs logiciels, chacun avec une clé de licence différente, l’émulation facilite grandement la gestion.
Lorsque plusieurs personnes partagent la même clé, il y a un risque de perte ou d’endommagement du dongle physique, et son remplacement peut être coûteux.
Dans les environnements virtuels ou en connexion à distance, il est souvent difficile de connecter un dongle physique car les systèmes invités ne supportent pas toujours la connexion native.