Certaines machines disposent de peu de ports USB, limitant ainsi le nombre de clés pouvant être utilisées en simultané.
Il arrive que plusieurs logiciels utilisent chacun une clé de sécurité différente, rendant leur gestion complexe.
Partager une même clé entre plusieurs personnes peut entraîner sa perte ou sa détérioration. De plus, ces clés peuvent être coûteuses à remplacer.
Dans des environnements virtuels ou via Bureau à distance, les systèmes invités ne prennent souvent pas en charge les connexions directes aux dongles connectés à la machine hôte.