Le nombre de dongles pouvant être utilisés sur une machine dépend souvent du nombre de ports USB disponibles.
Lorsqu’on utilise plusieurs logiciels, chacun peut nécessiter une clé de licence différente.
Lorsque plusieurs personnes partagent une même clé de sécurité, il existe un risque de perte ou de détérioration du dongle physique, dont le remplacement peut être coûteux.
Dans un environnement virtuel ou une session Bureau à distance, de nombreux systèmes invités ne disposent pas de la capacité native pour se connecter à un dongle branché sur la machine hôte.