Le nombre de dongles USB utilisables dépend du nombre de ports disponibles sur un ordinateur.
Lorsqu’on utilise plusieurs logiciels, chacun peut nécessiter une clé de licence USB différente.
Si plusieurs personnes utilisent la même clé de sécurité, il y a un risque de perte ou de casse du dongle, et son remplacement peut être coûteux.
Dans un environnement virtuel ou via un bureau à distance, il est souvent impossible de connecter un dongle directement à la machine hôte, car les systèmes invités ne disposent pas de cette capacité native.