Ogni computer ha un numero limitato di porte USB, che limita anche il numero di dongle utilizzabili.
Se utilizzi più software, ognuno potrebbe richiedere una chiave di licenza diversa.
L’uso condiviso di una singola chiave di sicurezza da parte di più persone aumenta il rischio di perdita o danneggiamento del dongle fisico, la cui sostituzione può essere costosa.
Nei desktop virtuali o remoti, molti sistemi operativi guest non sono in grado di riconoscere i dongle collegati fisicamente alla macchina host.