Esistono limitazioni sul numero di dongle USB utilizzabili su un computer in base al numero di porte disponibili.
Quando si utilizzano più software, ognuno con una chiave diversa, la gestione può diventare complessa.
Se più persone utilizzano la stessa chiave di sicurezza, c’è il rischio di perderla o danneggiarla. Inoltre, la sostituzione dei dongle fisici può essere costosa.
Lavorare in ambienti virtuali o su desktop remoti può creare problemi, poiché molti sistemi guest non dispongono della capacità nativa per connettersi a un dongle collegato al sistema host.