Il numero di dongle che puoi utilizzare è limitato dal numero di porte USB disponibili sul tuo computer.
Quando utilizzi più software, ciascuno con la propria licenza, gestire diversi dongle fisici può diventare complicato.
Se più persone utilizzano la stessa chiave di sicurezza, aumenta il rischio di perdita o danneggiamento del dongle fisico, con costi elevati di sostituzione.
Lavorare in ambienti virtuali o su desktop remoti può essere problematico, poiché molti sistemi operativi guest non supportano la connessione diretta a un dongle collegato alla macchina host.