Esistono limitazioni sul numero di dongle USB che possono essere utilizzati su una macchina in base al numero di porte disponibili.
Un altro caso comune è quando si usano più software, ognuno dei quali richiede una chiave di licenza diversa.
Quando più persone utilizzano la stessa chiave di sicurezza, c’è il rischio di perderla o danneggiarla fisicamente. Inoltre, la sostituzione può essere costosa.
Lavorare in ambienti virtuali o con desktop remoti può essere problematico, poiché molti sistemi operativi guest non supportano nativamente la connessione a dongle fisici collegati alla macchina host.