Alcuni computer hanno un numero ridotto di porte USB, il che limita la possibilità di utilizzare più dongle contemporaneamente.
Se utilizzi più software con dongle diversi, gestirli può diventare complicato e dispendioso in termini di tempo.
Quando più persone condividono una stessa chiave di sicurezza, c'è il rischio di smarrimento o danneggiamento del dongle fisico, con costi elevati di sostituzione.
In ambienti virtuali o desktop remoti, molti sistemi operativi guest non sono in grado di riconoscere i dongle collegati alla macchina host.
