Il numero di dongle utilizzabili su un computer è vincolato al numero di porte USB disponibili.
Quando si utilizzano più software con chiavi di licenza differenti, cambiare continuamente dongle può essere scomodo.
Se più persone condividono la stessa chiave di sicurezza, aumenta il rischio di smarrimento o danneggiamento del dongle, il cui costo di sostituzione può essere elevato.
Lavorare in un ambiente virtuale o in desktop remoto può essere problematico, poiché molti sistemi operativi guest non supportano nativamente la connessione a un dongle collegato alla macchina host.