Esistono limiti al numero di dongle USB che si possono usare su un computer, legati al numero di porte disponibili.
Quando vengono utilizzati più software, ognuno può richiedere una chiave di licenza diversa.
Se più persone utilizzano la stessa chiave di sicurezza, aumenta il rischio di perdita o danneggiamento del dongle fisico, il cui costo di sostituzione può essere elevato.
Lavorare in ambienti virtuali o su desktop remoti può creare problemi, perché molti sistemi operativi guest non hanno la capacità nativa di riconoscere un dongle collegato al computer host.