Il numero di dongle USB che è possibile utilizzare su un computer dipende dal numero di porte USB disponibili.
Quando si utilizzano più software, ciascuno può richiedere una chiave di licenza USB diversa.
Se più persone utilizzano la stessa chiave di sicurezza, si rischia di perdere o danneggiare il dongle fisico, il cui costo di sostituzione può essere elevato.
In ambienti virtuali o desktop remoti, molti sistemi operativi guest non hanno la capacità nativa di riconoscere un dongle collegato al computer host.