Há um limite de dongles USB que pode ser usado num dispositivo, dependendo do número de portas USB disponíveis.
Quando se utilizam vários softwares, cada um pode exigir uma chave de licença diferente.
Se várias pessoas utilizam a mesma chave de segurança, há risco de perda ou danos na chave física — e os dispositivos podem ser dispendiosos de substituir.
Ambientes virtuais ou de desktop remoto podem não suportar a ligação a dongles físicos ligados à máquina anfitriã.