Existe um limite para a quantidade de dongles que podem ser utilizados numa máquina devido ao número de portas USB disponíveis.
Quando utiliza vários softwares com chaves de licença distintas, a gestão pode tornar-se complicada.
Se várias pessoas usam a mesma chave de segurança, há risco de perda ou dano físico do dongle, e a substituição pode ser dispendiosa.
Trabalhar em ambientes virtuais ou em desktop remoto pode ser problemático, pois muitos sistemas convidados não têm capacidade nativa para ligar a um dongle conectado à máquina anfitriã.