O número de dongles que podem ser usados num computador é limitado à quantidade de portas USB disponíveis.
Quando vários softwares estão em utilização e cada um requer uma chave de licença distinta, gerir múltiplos dongles pode ser complexo.
Se várias pessoas usam a mesma chave de segurança, há risco de perda ou dano do dongle físico, cujo custo de substituição pode ser elevado.
Em ambientes virtuais ou de acesso remoto, muitos sistemas convidados não possuem suporte nativo para ligar-se a um dongle conectado na máquina anfitriã.