Alguns computadores têm um número reduzido de portas USB, o que impossibilita a ligação de múltiplos dongles físicos ao mesmo tempo.
Quando se utilizam vários softwares com chaves distintas, a gestão de múltiplos dongles físicos torna-se complexa e confusa.
Partilhar fisicamente um dongle entre vários utilizadores pode resultar em perdas ou danos, além de os dispositivos serem dispendiosos para substituir.
Muitos sistemas operativos em ambientes virtuais não conseguem aceder a dongles conectados à máquina anfitriã, dificultando o uso de aplicações protegidas.