Alguns computadores têm um número limitado de portas USB, o que impede o uso simultâneo de vários dongles.
Ao utilizar vários programas que requerem dongles diferentes, torna-se difícil e desorganizado gerir todos os dispositivos físicos.
Quando várias pessoas utilizam a mesma chave de segurança, existe o risco de perder ou danificar o dongle, e a substituição pode ser dispendiosa.
Trabalhar em máquinas virtuais ou através de ambiente remoto pode ser problemático, já que muitos sistemas operativos convidados não conseguem reconhecer dongles ligados ao host.