O número de dongles que um computador pode utilizar é limitado pelo número de portas USB disponíveis.
Quando utiliza vários programas, cada um com a sua própria chave de licença, alternar constantemente entre dongles pode ser inconveniente.
Partilhar a mesma chave de segurança entre várias pessoas aumenta o risco de perda ou danos no dongle, cujo custo de substituição pode ser elevado.
Trabalhar num ambiente virtual ou através de acesso remoto pode ser um desafio, pois muitos sistemas operativos convidados não conseguem ligar-se nativamente a um dongle ligado à máquina anfitriã.