O número de dongles que podem ser utilizados num computador está limitado ao número de portas disponíveis.
Quando são utilizados vários softwares, cada um pode exigir uma chave de licença USB distinta.
Se várias pessoas utilizam a mesma chave de segurança, há o risco de perda ou dano físico do dongle, cujo substituto pode ser dispendioso.
Em ambientes virtuais ou de desktop remoto, muitos sistemas convidados não possuem a capacidade nativa de aceder a um dongle ligado à máquina anfitriã.