O número de dongles USB que podem ser usados numa máquina depende diretamente da quantidade de portas USB disponíveis.
Quando são utilizados vários programas, cada um pode necessitar de uma chave de licença diferente.
Se várias pessoas utilizarem a mesma chave de segurança, existe o risco de perder ou danificar o dongle físico, cujo custo de substituição pode ser elevado.
Trabalhar em ambiente virtual ou em ambiente de Remote Desktop pode ser problemático, pois muitos sistemas operativos convidados não conseguem, de forma nativa, aceder a um dongle ligado na máquina anfitriã.