O número de dongles que podem ser utilizados num computador depende da quantidade de portas USB disponíveis.
Quando se utilizam vários programas, cada um pode requerer uma chave de licença USB distinta.
Se várias pessoas utilizarem a mesma chave de segurança, existe o risco de perda ou de avaria do dongle físico, cujo custo de substituição pode ser elevado.
Em ambientes virtuais ou de desktop remoto, muitos sistemas operativos convidados não têm a capacidade nativa de reconhecer um dongle ligado ao computador anfitrião.