Los ordenadores pueden tener un número reducido de puertos USB, lo que limita la cantidad de dongles que se pueden usar simultáneamente.
Al utilizar varios softwares con licencias individuales, gestionar múltiples dongles físicos puede ser poco práctico.
Si varias personas utilizan la misma llave USB, existe el riesgo de perder o dañar el dispositivo, cuya sustitución puede resultar costosa.
Trabajar en entornos virtuales o escritorios remotos suele presentar problemas, ya que muchos sistemas operativos invitados no pueden acceder directamente al dongle conectado al host.