El número de dongles USB que puede usar un equipo está limitado a la cantidad de puertos disponibles.
Si utilizas varios programas de software, cada uno puede requerir una clave de licencia diferente, lo que complica la gestión.
Compartir una misma llave de seguridad entre varias personas aumenta el riesgo de pérdida o daño del dongle físico, cuyo reemplazo puede resultar costoso.
En entornos virtuales o de escritorio remoto, muchos sistemas invitados no tienen la capacidad nativa de reconocer un dongle conectado al host.