Le nombre de dongles USB utilisables sur un ordinateur est limité par le nombre de ports disponibles.
Si vous utilisez plusieurs logiciels, chacun avec sa propre clé de licence, la gestion peut vite devenir complexe.
Le partage d’une même clé de sécurité par plusieurs personnes peut entraîner sa perte ou sa détérioration. De plus, remplacer un dongle peut coûter cher.
Dans un environnement virtuel ou via un bureau à distance, il est souvent impossible pour un système invité de se connecter directement à un dongle branché sur la machine hôte.