Alcuni computer hanno un numero limitato di porte USB, rendendo difficile collegare più dongle contemporaneamente.
Se utilizzi più programmi, ognuno con la propria chiave di licenza, gestire vari dongle fisici può diventare complicato.
Quando più persone condividono la stessa chiave di sicurezza USB, si rischia di perderla o danneggiarla. I dongle fisici possono essere costosi da sostituire.
In ambienti virtuali o desktop remoti, molti sistemi operativi guest non riescono a rilevare le chiavi USB collegate al computer host.