Il numero di dongle USB utilizzabili è limitato dal numero di porte disponibili sul computer.
Quando si utilizzano più software, ognuno può richiedere una chiave di licenza diversa, complicando la gestione.
Se più persone utilizzano la stessa chiave di sicurezza, aumenta il rischio di perdita o danneggiamento del dongle fisico, il cui costo di sostituzione può essere elevato.
In ambienti virtuali o desktop remoti, molti sistemi operativi guest non hanno la capacità nativa di riconoscere un dongle collegato al computer host.