PCによってはUSBポート数が限られており、複数のドングルを同時に使用できないことがあります。
複数のソフトウェアが、それぞれ異なるUSBキーを必要とするケースでは、ドングルの切り替えが煩雑になります。
1つの物理キーを複数のユーザーで使い回すと、紛失や破損のリスクが高まり、交換コストも高くつく可能性があります。
仮想マシンやリモートデスクトップでは、ホストに接続された物理USBドングルがゲスト環境から認識されないことが多々あります。