使用可能なUSBポート数には限りがあり、複数のドングルを同時に使うには物理的制約があります。
複数のソフトウェアを使用する場合、それぞれ別のライセンスキーが必要となることが多く、物理ドングルの管理が煩雑になります。
1本のUSBドングルを複数人で使い回すと、紛失・破損のリスクが高まり、交換費用がかさむ場合があります。
仮想マシンやリモートデスクトップでは、ホストに接続されたUSBデバイスをゲストOSが認識できないケースが多く、接続の妨げになります。