PCに接続できるUSBドングルの数は、USBポートの数に制限されます。
複数のソフトウェア製品を使用していて、それぞれ異なるライセンスキーが必要な場合、エミュレーションで管理が簡単になります。
同じセキュリティキーを複数人で使うと、物理ドングルの紛失や破損のリスクがあり、交換には高額な費用がかかることがあります。
仮想マシンやリモートデスクトップでの作業では、多くのゲストOSがホストマシンに接続されたドングルを認識できないという問題があります。