1台のPCに接続できるUSBポート数に制限があるため、多くのドングルを同時使用できない場合があります。
複数のソフトウェア製品を使用していると、それぞれに異なるライセンスキーが必要になることがあります。
1つのドングルを複数人で共有することで、紛失や破損のリスクが増大します。ドングルの再購入には高額な費用がかかる場合もあります。
仮想マシンやリモートデスクトップ環境では、ホストPCに接続されたドングルをゲストOSが認識できないケースが多くあります。