PCに接続できるUSBドングルの数は、利用可能なポート数に依存します。
複数のソフトウェアを使い、それぞれが異なるライセンスキーを必要とする場合、ドングルの差し替えは面倒です。
同じセキュリティキーを複数人で使うと、紛失や破損のリスクが高まり、高額な交換費用が発生する可能性があります。
仮想マシンやリモートデスクトップ環境では、ホストに接続されたドングルを直接利用できない場合が多くあります。