PCに搭載されているUSBポート数によって、同時に使用できるUSBドングルの数が制限されます。
複数のソフトウェアを使用している場合、それぞれが異なるUSBライセンスキーを必要とします。
複数ユーザーが同じセキュリティキーを利用すると、ドングルの紛失や破損のリスクが高まり、交換費用も高額になることがあります。
仮想環境やリモートデスクトップで作業する場合、多くのゲストOSにはホストPCに接続されたドングルへ直接アクセスする機能がないため、利用が難しくなります。