物理マシンで利用できるUSBドングルの数は、搭載されているUSBポート数に制限されます。
複数のソフトウェアを同時に利用している場合、それぞれが異なるライセンスドングルを必要とします。
複数人が同じセキュリティキーを使うと、物理ドングルの紛失や破損リスクが高まり、交換コストがかさみます。
仮想環境やリモートデスクトップで作業する場合、多くのゲストOSはホストに接続されたドングルを直接認識できないため問題になります。