利用できるUSBドングルの数は、PCに搭載されているUSBポートの数に制約されます。
複数のソフトウェア製品を使用している場合、それぞれが異なるライセンスキーを必要とします。
複数の人が同じセキュリティキーを利用すると、ドングルの紛失や破損のリスクが高まり、交換コストも高額になる可能性があります。
仮想環境やリモートデスクトップでは、多くのゲストOSがホストマシンに接続されたドングルを認識する機能を持たないため、作業に支障をきたします。