Certos equipamentos têm um número restrito de portas USB, o que dificulta a utilização simultânea de vários dongles.
Quando se utilizam vários softwares licenciados, cada um requer uma chave USB distinta, tornando o processo de gestão complicado.
Se várias pessoas utilizam a mesma chave de segurança, há o risco de a perder ou danificar — e a substituição pode ser dispendiosa.
Trabalhar em máquinas virtuais ou em ambiente de desktop remoto pode dificultar o reconhecimento de dongles ligados à máquina anfitriã, pois muitos sistemas operativos convidados não têm suporte nativo para isso.