O número de dongles USB que uma máquina pode usar está limitado à quantidade de portas USB disponíveis.
Quando são utilizados vários programas, cada um pode necessitar de uma chave de licença própria, exigindo múltiplos dongles.
Se várias pessoas utilizarem o mesmo dongle de segurança, existe o risco de o perder ou danificar, e a substituição pode ser dispendiosa.
Num ambiente virtual ou de desktop remoto, muitos sistemas convidados não conseguem aceder diretamente a um dongle ligado na máquina anfitriã.