هناك قيود على عدد مفاتيح USB التي يمكن استخدامها على جهاز بسبب عدد المنافذ المتاحة.
عند استخدام عدة برامج، قد يكون لكل منها مفتاح ترخيص مختلف.
إذا كان عدة أشخاص يستخدمون نفس مفتاح الأمان، فقد يؤدي ذلك إلى فقدانه أو تلفه، واستبداله قد يكون مكلفًا.
العمل في بيئة افتراضية أو من خلال سطح مكتب بعيد قد يسبب مشكلات، لأن العديد من أنظمة التشغيل الضيف لا تدعم توصيل مفتاح USB فعلي مرتبط بالجهاز المضيف.