Počet donglů, které lze použít na jednom zařízení, je omezen fyzickým počtem dostupných USB portů.
Používáte-li více softwarů, z nichž každý vyžaduje jiný klíč, je duplikace velmi praktická.
Sdílení jednoho bezpečnostního klíče mezi více uživateli může vést ke ztrátě nebo poškození donglu, jehož výměna může být nákladná.
Při práci ve virtuálním prostředí nebo přes vzdálenou plochu může být problémem to, že hostitelský systém nemusí nativně podporovat připojení k fyzickému donglu.