Počet donglů, které lze použít na jednom zařízení, je omezen počtem dostupných USB portů.
Pokud používáte více softwarových produktů, z nichž každý má jiný licenční klíč, může být správa donglů složitá.
Pokud více osob používá stejný bezpečnostní klíč, může dojít ke ztrátě nebo poškození fyzického donglu, jehož náhrada je finančně náročná.
Práce ve virtuálním prostředí nebo přes vzdálenou plochu může být problém, protože mnoho hostovaných operačních systémů neumí nativně připojit dongl k hostitelskému zařízení.