Některá zařízení mají omezený počet USB portů a nelze k nim připojit více donglů současně.
Používáte-li více softwarových aplikací s odlišnými licenčními dongly, jejich správa může být komplikovaná.
Při sdílení jednoho fyzického klíče mezi více uživateli hrozí jeho ztráta, poškození nebo opotřebení. A náhrada může být nákladná.
Vzdálené pracovní prostředí často neumožňuje přímé připojení donglu k hostitelskému systému, což komplikuje práci s licencovanými aplikacemi.