Počet portů na zařízení omezuje, kolik donglů můžete připojit současně.
Pokud používáte více programů, může každý vyžadovat jiný USB klíč.
Při sdílení jednoho klíče více lidmi hrozí jeho poškození nebo ztráta, a náhrada může být nákladná.
V mnoha případech operační systémy hosta ve virtuálním prostředí nedokáží rozpoznat dongle připojený k hostitelskému zařízení.