Existují omezení počtu USB donglů, které lze na jednom počítači používat, a to podle počtu dostupných USB portů.
Pokud používáte více softwarů, z nichž každý má vlastní licenční klíč, může být přepínání mezi dongly neefektivní.
Sdílení stejného bezpečnostního klíče mezi více osobami může vést ke ztrátě nebo poškození fyzického donglu, jehož náhrada může být drahá.
Práce ve virtuálním prostředí nebo přes vzdálenou plochu může být problémová, protože mnoho hostovaných operačních systémů nepodporuje přímé připojení donglu k hostitelskému zařízení.